ตำบลปากน้ำตั้งอยู่ทางทิศเหนือของเทศบาลตำบลบางคล้า ติดริมฝั่งซ้ายของแม่น้ำบางปะกง เดิมเป็นชุมชนริมน้ำมาก่อน ห่างจากอำเภอบางคล้าประมาณ 3 กิโลเมตร และห่างจากกจังหวัดฉะเชิงเทรา ประมาณ 26 กิโลเมตร โดยใช้ทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 304 เข้าจังหวัดฉะเชิงเทรา และใช้ทางหลวงจังหวัดหมายเลข 3121 แยกเข้าสู่ตัวอำเภอบางคล้า ซึ่งมีทางหลวงท้องถิ่นสายปากน้ำ-หัวไทร เป็นส้นทางคมนาคมที่สำคัญผ่านพื้นที่
ทิศเหนือ ติดกับ ต.หัวไทร อ.บางคล้า จ.ฉะเชิงเทรา
ทิศใต้ ติดกับ ต.ท่าทองหลาง อ.บางคล้า จ.ฉะเชิงเทรา
ทิศตะวันออก ติดกับ ต.เมืองใหม่ ต.บางคา อ.ราชสาส์น จ.ฉะเชิงเทรา
ทิศตะวันตก ติดกับ ต.บางคล้า อ.บางคล้า จ.ฉะเชิงเทรา