การใช้หน้ากากอนามัย เพื่อจุดประสงค์ในการป้องกันการแพร่กระจายและการติดเชื้อโรค จึงมีข้อจำกัด โดยผู้เขียนของเว็บไซต์ pobpad ได้จำแนกให้เห็นชัดเจน ดังนี้

• ไม่สามารถป้องกันได้ 100%

หน้ากากอนามัยส่วนใหญ่มีประสิทธิภาพในการป้องกันเพียงประมาณ 80% ขึ้นอยู่กับคุณภาพของวัสดุ แต่หากเป็นหน้ากากอนามัยชนิด N95 ป้องกันได้ 95% ดังนั้น ผู้ใช้จึงยังอาจมีโอกาสเสี่ยงติดเชื้อได้ 

• ไม่สามารถป้องกันเชื้อโรคได้ทุกชนิด

แม้จะช่วยป้องกันเชื้อโรคได้ในระดับหนึ่ง แต่ยังไม่มีการทดสอบว่าสามารถป้องกันเชื้อโรคชนิดใดชนิดหนึ่งได้อย่างเจาะจง ดังนั้น หน้ากากอนามัยจึงไม่สามารถใช้เพื่อป้องกันโรคใดโรคหนึ่งโดยเฉพาะได้

• ใช้ได้ครั้งเดียว

หน้ากากอนามัยเกือบทุกชนิดจะเป็นชนิดใช้แล้วทิ้ง ไม่สามารถนำกลับมาใช้ซ้ำหรือทำความสะอาดได้ เนื่องจากเมื่อใช้แล้วเชื้อโรคจะติดอยู่บนหน้ากากอนามัย หากใช้ซ้ำก็อาจทำให้เสี่ยงต่อการติดเชื้อได้

• ไม่มีผลวิจัยชัดเจนว่าช่วยป้องกันได้

แม้วงการแพทย์จะแนะนำให้ใช้หน้ากากอนามัยป้องกันมลพิษหรือการติดเชื้อโรคระบบทางเดินหายใจ แต่ยังไม่มีการศึกษาวิจัยที่ชัดเจนว่า หน้ากากอนามัยมีประสิทธิภาพในการป้องกันเชื้อโรคระบบทางเดินหายใจหรือมลพิษมากเพียงใด จึงต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่ชัดเจนยิ่งขึ้น

โดยหน้ากากอนามัย ชนิดที่แพทย์แนะนำให้ใช้ เพื่อป้องกันการแพร่เชื้อโรค คือ หน้ากากอนามัยแบบ N95 เพราะมีคุณสมบัติช่วยป้องกันการเชื้อโรคที่มีขนาดเล็กมากๆ ได้ และมีประสิทธิภาพในการป้องกันสูงกว่าหน้ากากอนามัยแบบทั่วไป เนื่องจากลักษณะของหน้ากากอนามัยชนิดนี้จะครอบลงไปที่บริเวณหน้าปากและจมูกอย่างมิดชิด ทำให้เชื้อไวรัสหรือสารปนเปื้อนไม่สามารถลอดผ่านได้

หน้ากากอนามัยชนิด N95 มักใช้ทั้งในวงการแพทย์ที่ต้องการความปลอดภัยจากการติดเชื้อสูง ได้แก่ การป้องกันเชื้อวัณโรค หรือเชื้อแอนแทร็กซ์ ที่เป็นอันตรายต่อมนุษย์ อีกทั้งมักใช้ระหว่างการทำงาน เช่น การทำงานกับสารเคมีหรือการใช้สีที่อาจทำให้ได้กลิ่นไม่พึงประสงค์ ทว่า การใช้หน้ากากอนามัยแบบ N95 จะต้องเลือกใช้ให้เหมาะสม เพราะขนาดและยี่ห้อที่แตกต่างกันอาจส่งผลต่อประสิทธิภาพในการกรองอากาศได้