วัดคงคาราม หรือวัดบน 
เป็นวัดที่มีอายุเก่าแก่ที่สุดใน 3 วัด สร้างในสมัยอยุธยาตอนปลาย มีพระพุทธรูปหลวงพ่อโต เป็นพระพุทธรูปปั้นลงรักปิดทอง ที่ชาวบ้านเคารพเลื่อมใสศรัทธา ปัจจุบันกำลังสร้างวิหารหลวงพ่อโตอยู่ในบริเวณอุโบสถเดิม บริเวณที่ติดกับแม่น้ำบางปะกง เป็นป่าชายเลนที่อุดมสมบูรณ์ ชุมชนบ้านบนได้ช่วยกันจัดตั้งบ้านปลาและธนาคารปูแสมเพื่อเป็นโครงการชุมชนต้นแบบการท่องเที่ยวเชิงนิเวศ

วัดกลาง 
สร้างเมื่อปี พ.ศ. 2427 โดยมีคหบดี 3 ท่าน ได้แก่ นายสมศักดิ์ นายหนู และนายตี๋ เห็นว่าตำบลบางปะกงเป็นตำบลใหญ่ ในสมัยก่อนเดินทางโดยทางเรือ บริเวณนี้เป็นบริเวณกลางหมู่บ้าน เหมาะสมที่จะจัดสร้างวัดเพื่อเป็นแหล่งศูนย์รวมในหมู่บ้าน จึงได้ตกลงกันสร้างวัดขึ้น ให้ชื่อว่า วัดกลางบางปะกง ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาและผูกพัทธสีมาฝังลูกนิมิตในปี พ.ศ.2436 โดยสมเด็จพระวันรัต (แพ) วัดสุทัศน์เทพวนารามเป็นประธานในพิธี มีพระพุทธบาทจำลองประดิษฐานอยู่ที่มณฑปในวันเพ็ญกลางเดือนสี่ของทุกปีจะมีงานเทศกาลนมัสการพระพุทธบาทเป็นงานประจำปี

วัดบำรุงธรรมราษฎร์ศรัทธาราม หรือวัดล่าง
เป็นวัดที่อยู่ติดกับวัดกลาง โดยมีคลองยายเม้ยคั่นกลาง โดยมีหลวงพ่อคงเป็นเจ้าอาวาสรูปแรก หลวงพ่อคงนี้มีวิชาอาคมแก่กล้า ท่านเป็นลูกจีนนอก บิดามารดามาจากเมืองจีนโพ้นทะเล ในวัยหนุ่มมีความสนใจในวิชาอาคม ได้ไปศึกษาวิชาอาคมกับหลวงพ่อแก้ว วัดหนองตำลึง เมื่อบวชก็กลับมาบวชที่บ้านเกิดบางปะกง ท่านได้บวชกลางแม่น้ำโดย อุทกุกเขปสีมา หรือ อุทกสีมา สีมากลางแม่น้ำ ต่อมาท่านได้สร้างวัดที่บ้านบางปะกงล่างบนที่ดินมรดกของท่าน และเป็นเจ้าอาวาสรูปแรกของวัดนี้ และให้ชื่อวัดว่าวัดคลองยายเม้ย แต่ชาวบ้านจะเรียกกันว่า วัดล่าง มีพระอุโบสถที่สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2500 ที่ด้านนอกและด้านในเป็นสีขาวมุกดูสวยงาม กำแพงเป็นรูปธรรมจักรล้อมรอบอุโบสถดูสวยสะดุดตา ปัจจุบันมีหลวงพ่อคงเป็นพระศักดิ์สิทธิ์ ตั้งอยู่ในวิหารบูรพาจารย์ ขึ้นชื่อในเรื่องการบนบานของหายแล้วจะได้คืนทุกราย สิ่งของแก้บนของหลวงพ่อคง คือ กล้วยน้ำว้า และขนมครก อันเป็นของโปรดของหลวงพ่อคง